Ninja Turtles: Legends vous plonge directement dans l'univers emblématique des tortues ninja et de leurs alliés et adversaires. Cet épisode présente un défi redoutable : Krang a dévoilé un complot sournois pour assembler une armée de mutants, nécessitant l'ADN de créatures précieuses. Les joueurs doivent intervenir, former une équipe de combattants et contrecarrer chaque étape de ce plan néfaste, afin de stopper le projet de Krang de déplacer la Terre vers la dimension X.