My Little Pony : Harmony Quest invite les joueurs à entrer dans le monde vibrant d’Equestria, où des licornes colorées font face à une menace grave. Une meute de loups-garous a envahi le pays, kidnappant six poneys bien-aimés et plongeant la terre dans le chaos. Pour restaurer l'harmonie, les joueurs doivent utiliser les compétences uniques de chaque personnage : l’intellect de Twilight Sparkle, le don de détection de trésors de Rarity, la communication avec les animaux de Fluttershy, l’anticipation du danger de Pinkie Pie, la force incroyable d'Applejack et le contrôle des pierres de Rainbow Dash. Ensemble, ils se lancent dans une aventure palpitante pour sauver leurs amis et protéger Equestria des forces obscures.