A Sigma Theory apresenta aos jogadores um envolvente jogo de estratégia ambientado em um futuro distópico, onde eles gerenciam uma organização clandestina dentro de uma nação contemporânea. Com a missão de aproveitar recursos e pessoal, os jogadores devem garantir uma vantagem estratégica em um conflito invisível que os cidadãos comuns não conseguem perceber. A narrativa começa com avanços científicos revolucionários que ameaçam desestabilizar as visões tradicionais sobre o futuro da humanidade, colocando imenso poder nas mãos daqueles que conseguem aproveitá-lo. O sucesso depende de navegar por esse complexo cenário para ditar os termos e promover a dominação sobre outros territórios.