Ninja Turtles: Legends ti catapulta direttamente nell'universo iconico delle tartarughe ninja e dei loro alleati e avversari. Questo capitolo presenta una sfida formidabile: Krang ha scatenato un piano subdolo per assemblare un esercito di mutanti, richiedendo il DNA di esseri preziosi. I giocatori devono intervenire, formare una squadra di combattenti e contrastare ogni fase di questo nefasto complotto, fermando infine il piano di Krang di trasferire la Terra nella dimensione X.