《我的小马驹：和谐探索》邀请玩家进入多姿多彩的埃奎斯特里亚（Equestria），在这里彩色的独角兽们面临着严峻的威胁。一群狼人入侵，绑架了六只深受喜爱的马驹，将这片土地陷入了混乱。为了恢复和谐，玩家必须利用每个角色的独特能力：暮光闪闪的智慧、瑞瑞的探宝才能、柔柔与动物的沟通、粉红迷的预感、苹果杰克的惊人力量以及彩虹 Dash 对石头的掌控。为了拯救他们的朋友并拯救埃奎斯特里亚免受黑暗力量的侵袭，他们一起踏上了一段刺激的冒险。