My Little Pony: Harmony Quest convida os jogadores a entrar no vibrante reino de Equestria, onde unicórnios coloridos enfrentam uma ameaça terrível. Um bando de lobisomens invadiu, sequestrando seis adoráveis pôneis e mergulhando a terra no caos. Para restaurar a harmonia, os jogadores devem utilizar as habilidades únicas de cada personagem: a inteligência de Twilight Sparkle, o talento de Rarity para detectar tesouros, a comunicação de Fluttershy com os animais, a antecipação de perigos de Pinkie Pie, a força incrível de Applejack e o controle sobre pedras de Rainbow Dash. Juntos, eles embarcam em uma aventura emocionante para resgatar seus amigos e salvar Equestria das forças sombrias.