마이 리틀 포니: 하모니 퀘스트는 플레이어를 색색의 유니콘들이 심각한 위협에 직면한 활기찬 에퀘스트리아의 세계로 초대합니다. 늑대인간 무리가 침입하여 여섯 마리의 사랑받는 포니를 납치하고 땅을 혼란에 빠뜨렸습니다. 조화를 회복하기 위해 플레이어는 각 캐릭터의 고유한 능력을 활용해야 합니다: 트와일라이트 스파클의 지능, 레어리티의 보물 감지 능력, 플럿터샤이의 동물과의 소통, 핑키 파이의 위험 예측 능력, 애플잭의 놀라운 힘, 그리고 레인보우 대시의 돌 조정 능력. 그들은 함께 친구를 구하고 어두운 세력으로부터 에퀘스트리아를 구하기 위한 짜릿한 모험을 떠납니다.