マイリトルポニー：ハーモニークエストはプレイヤーを色とりどりのユニコーンたちが住むエクエストリアの活気ある世界に招待します。そこでは、ワーウルフの群れが侵入し、6人の愛されるポニーを誘拐し、土地は混沌と化しています。調和を回復するために、プレイヤーはそれぞれのキャラクターのユニークな能力を活用しなければなりません：トワイライト・スパークルの知性、ラリティの宝物感知能力、フラッターシャイの動物とのコミュニケーション、ピンキーパイの危険予知、アップルジャックの驚異的な力、そしてレインボーダッシュの石を操る力です。彼らはともに、友達を救い、エクエストリアを暗い力から救うためのスリリングな冒険に出発します。