LOVE LOVE MYSTERY CLUB sigue a Tuay, un estudiante de secundaria dotado de un sexto sentido único. Su vida da un giro cuando se encuentra con Fern, una compañera intrigada por lo sobrenatural, quien lo invita a unirse a su Club de Misterio junto a Jack. Juntos, se adentran en seis notorias leyendas escolares, descubriendo secretos relacionados con cinco chicas distintas—Krachet, Ploy, Woon, Main y Lily—cada una conectada a los misterios y presentando posibles caminos románticos para Tuay. A medida que avanza la historia, Tuay navega por relaciones mientras desentraña el enigma que rodea las leyendas escolares.