Choo-Choo Charles invita a los jugadores a confrontar a un amenazante tren llamado Charles en un vasto y traicionero entorno. Los jugadores deben navegar por las sinuosas vías y planificar misiones mientras permanecen atentos a los ataques de Charles. Mejorar tu tren a través de la recolección y la realización de tareas aumenta tus capacidades de combate. Al ayudar a los habitantes locales, puedes adquirir poderosas armas y artículos esenciales para el enfrentamiento final. El juego culmina en un feroz duelo contra Charles, donde los jugadores deben aprovechar su fuerza, potencia de fuego y habilidades para finalmente superar a este implacable enemigo.