Zusammen leben entfaltet sich in einer kargen, post-apokalyptischen Landschaft, in der Kyoya das Bewusstsein wiedererlangt, an der Seite eines rätselhaften Mädchens, das offenbart, dass die Menschheit verschwunden ist. Auf ihrer Suche nach anderen entdeckt Kyoya, dass das Mädchen in einem unerbittlichen Kreislauf des Todes gefangen ist, um für die Fehler der Menschheit Buße zu tun. Berührt von ihrem Leid bemüht er sich, ihr in ihrem tristen Dasein Freude zu schenken, was zu einer tiefgreifenden Reise führt, die Themen wie Hoffnung, Erlösung und die Widerstandsfähigkeit des menschlichen Geistes angesichts von Verzweiflung erkundet.