My Little Pony: Harmony Quest lädt die Spieler in das lebendige Reich von Equestria ein, wo farbenfrohe Einhörner einer ernsthaften Bedrohung gegenüberstehen. Eine Gruppe von Werwölfen hat invasiert, sechs geliebte Ponys entführt und das Land ins Chaos gestürzt. Um die Harmonie wiederherzustellen, müssen die Spieler die einzigartigen Fähigkeiten jedes Charakters nutzen: Twilight Sparkles Intellekt, Raritys Schatzspürsinn, Fluttershys Kommunikation mit Tieren, Pinkie Pies Gefahrenvoraussicht, Applejacks unglaubliche Stärke und Rainbow Dashes Kontrolle über Steine. Gemeinsam begeben sie sich auf ein aufregendes Abenteuer, um ihre Freunde zu retten und Equestria vor dunklen Mächten zu bewahren.